A nagyvállalatok és terroristák által uralt zaklatott jövőben, ahol a világ nemzetei két nagy, egymással harcoló csoportra oszlanak, a nyugalmazott zsoldost, Syrus Pierce-t titkos küldetésre küldik egy létesítménybe, ahol túszokat kell kimentenie egy terrorszervezet és megmenti a helyzetet, de rájön, hogy nem minden úgy van, ahogy elsőre látszik. Kevesen számítanak arra, hogy a látszat még magában a játékban is csal.
Logikus lenne, hogy a küldetésünket figyelembe véve a Deep Black olyan lövöldözős volt, amelyben a lopakodás elengedhetetlen céljaink eléréséhez. Tévedés, hacsak valaki nem gondolja úgy, hogy minden víz alatti robot észleli, és hangos, masszív lövöldözésbe bocsátkozik mindennel, ami az utunkba kerül, hatékony módja a beszivárgásnak. Hasonlóképpen elvárható lenne, hogy egy olyan címben, amelyben politikai és katonai konfliktusok vannak, van legalább némi mélység és hitelesség, hogy megfűszerezze a történetet. Megint téved, mert a Deep Blacknek csak hosszú, komoly üzletnek hangzó betűszavai vannak, katonás klisékkel és vicces poénokkal teli esetlen és középszerű dialógusok, valamint egy lényegében teljesen általános történet.